El error que aparece
Si tienes varias aulas Moodle independientes en la misma cuenta de cPanel (la principal en el dominio y las demás en subdominios) y quieres actualizarlas a Moodle 5.1 o superior desde Softaculous, la actualización se detiene con un mensaje parecido a este:
It seems that another Moodle installation files are present at /home/usuario/public_html. Hence you can not upgrade this installation.
Por qué ocurre
Desde Moodle 5.1 cambió la estructura de directorios: el código de Moodle debe quedar fuera del directorio público y el dominio debe apuntar a su subcarpeta /public.
Para aplicar ese cambio, Softaculous necesita usar como nivel superior el directorio padre de la instalación. En una cuenta con varias aulas, ese padre es /home/usuario/public_html, que ya contiene la instalación principal de Moodle. Softaculous lo detecta y se detiene para no destruir la otra instalación.
Además, en cPanel el campo "Nueva raíz del documento" de un subdominio lleva el prefijo /public_html/ fijado: no puedes establecer una ruta situada directamente bajo /home/usuario/.
¿Podéis cambiar el DocumentRoot fuera de public_html desde el servidor?
No. cPanel no recomienda situar los sitios web fuera de public_html, y nosotros seguimos fielmente las recomendaciones de cPanel y de su soporte. Sacar el DocumentRoot de un dominio o subdominio a una ruta arbitraria bajo /home/usuario/ queda fuera de la configuración soportada del servidor.
Qué alternativas hay
1. Enlaces simbólicos
Es posible resolverlo mediante enlaces simbólicos que respeten la estructura soportada de cPanel. Es una configuración delicada, por lo que se realiza únicamente dentro de nuestro servicio adicional "Actualización Moodle": así, si surge cualquier incidencia derivada, podemos investigarla y resolverla.
2. Actualización manual
A día de hoy Softaculous no es capaz de realizar este tipo de actualización con la nueva estructura. Las actualizaciones que hacemos dentro del servicio "Actualización Moodle" se realizan de forma manual.
3. Estado actual de los subdominios
De momento solo realizamos estas actualizaciones en dominios principales. La actualización a versiones nuevas de aulas alojadas en subdominios está en fase de investigación, precisamente por los problemas de DocumentRoot descritos arriba.
Dónde contratar el servicio
El extra "Actualización Moodle" está disponible en tu Área de Clientes, dentro del listado de productos y servicios adicionales. Cualquier actualización de Moodle fuera de ese paquete queda fuera del alcance de nuestro soporte de hosting.
Recomendación antes de actualizar
Comprueba en qué versión estás y a cuál quieres ir: los saltos entre ramas mayores (por ejemplo 3.x a 4.x) se tratan como proyectos aparte.
Asegúrate de que dispones de una copia de seguridad reciente (archivos y base de datos del mismo momento) antes de cualquier actualización.
Si tienes varias aulas en la misma cuenta, indícanoslo desde el principio: la planificación es distinta a la de una instalación única.