Síntoma
En cPanel > Seguimiento de Entregas (Track Delivery) ves que un mismo correo aparece varias veces y piensas que está llegando duplicado al buzón.
Dos cosas distintas que se confunden
1. Dos líneas por cada correo (normal)
Por cada mensaje entrante, en esa pantalla aparecen normalmente dos líneas:
La entrega real del correo en tu buzón.
Una línea adicional con otro ID que genera el propio servidor para pasar el mensaje por la revisión antispam de Imunify (nuestro antiexploit).
Esa segunda línea no es un correo de más: es parte del proceso de análisis. Si la ignoras, verás el número real de correos recibidos.
2. Duplicados reales del remitente
En ocasiones el correo sí llega varias veces porque el remitente lo ha enviado varias veces (es relativamente frecuente con remitentes de Gmail). En ese caso no hay ningún fallo en el servidor de correo.
Cómo confirmarlo
Revisa el detalle en los registros de entrega. Si cada copia del correo tiene una hora distinta y un ID de mensaje distinto, son envíos independientes hechos por el remitente, no una duplicación generada por el servidor. Ejemplo de dos entradas con horas e ID diferentes para el mismo asunto = el remitente envió el mensaje dos veces.
Resumen
Dos líneas por correo en el Seguimiento de Entregas = entrega real + revisión antispam de Imunify. Es normal.
Si ves el mismo correo con horas e ID diferentes, lo ha enviado varias veces el remitente.
En ninguno de los dos casos se trata de un fallo del servidor de correo.